大概20年前我家在农村盖房，占用了我家亲戚部分地，因为当时地不值钱?

委会有权证明。建议你进一步补强证据，问题的关键是前后两份证明哪一份更有证明力，第一份证明的效力明显大于第二次的。就目前情况分析：可以录音取证，以证明村组为何会出具第二份证明，取得证据后要尽快交给办案法官