个人所得税公积金是怎么扣除的?

扣除如下：
按照《个人所得税代扣代缴暂行办法》,第十七条规定:    对扣缴义务人按照所扣缴的税款，付给2%的手续费。扣缴义务人可将其用于代扣代缴费用开支和奖励代扣代缴工作做得较好的办税人员。但由税务机关查出，扣缴义务人补扣的个人所得税税款。

你好。
根据国务院的修订内容，财政部、国家税务总局联合下发了《关于基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金有关个人所得税政策的通知》（以下简称《通知》）（财2006‟  10号）。《
通知》第二条规定：  
“根据《住房公积金管理条例》、《建设部财政部中国人民银行关于住房公积金管理若干具体问题的指导意见》建金管[2005]5号）等规定精神，单位和个人分别在不超过职工本人上一年度月平均工资12%的幅度内，其实际缴存的住房公积金，允许在个人应纳税所得额中扣除。
单位和职工个人缴存住房公积金的月平均工资不得超过职工工作地所在设区城市上一年度职工月平均工资的3倍，  具体标准按照各地有关规定执行。

社保、公积金属于税前扣除项，除此之外还有通过认可的机构捐款等，都属于税前扣除项。这些项目是在计算个税前扣除的，即4000-税前扣除项后，剩下的金额若高于3500，再计税。
社保和公积金=缴费基数*各险种的比例。国家有规定的扣除比例，这个你可以在网上查一下。缴费基数是根据你去年的月均工资和当地去年的月均工资比较后来确定的，一年一调。并不是说你本月工资是4000，你社保和公积金的缴费基数就是4000。