小产权房屋纠纷法院不受理合理吗?

这是不合理的，最高院规定法院对于民事诉讼实行登记制度，即使是小产权房也需要登记立案，
《最高人民法院关于人民法院登记立案若干问题的规定》
第一条  人民法院对依法应该受理的一审民事起诉、行政起诉和刑事自诉，实行立案登记制。
第二条  对起诉、自诉，人民法院应当一律接收诉状，出具书面凭证并注明收到日期。
　　对符合法律规定的起诉、自诉，人民法院应当当场予以登记立案。
　　对不符合法律规定的起诉、自诉，人民法院应当予以释明。

如果以离婚协议起诉，要求返还住房，那么法院是受理的；如果想直接将此房让法院判至女方名下，法院是不会受理的。

会受理的
能办理房产证,就一定有国土使用证了!一般开发商办土地使用证,建房子,然后才可以办到房产证。所以土地使用证是一定有的。对方的土地可能是集体土地证。就像我们买开发商小区的房子,只有房产证。只是整个小区是一个土地证而已。归整个小区的集体所有。至于房产证向法院申诉,会判过户给你!过户税费问题买卖双方如果在合同中没有规定,就按国家规定,买方出买房的税,卖方出卖房的税。