装修已经结束，但是问题很多，还有一些是合同里没完成的，现在要结算工程款，是否要收取装修公司违约金?

那么你是可以按合同上的规定酌情扣除相应的工程款的。不过，而装潢公司在装修的过程中并没有完全按协议规定去施工，并且又给不出合理的解释（理由）！如果你们当初有相关协议你好，这种事情还是以协商的方式解决为好