别墅主配电箱是380v入户，与二层配电箱之间目前使用6平方线连接，现在要在二层放中央空调主机?

40A 的负荷：
1，恐怕也不宜接入 380V/、即使二层配电箱已送入380V这一问题最好有原来两个配电箱的系统图或照片；
2，这需要查看二层配电箱里的主开关来判断、主配电箱送到二层配电箱很可能已不是380V。初步判断。
建议更换 “主→二” 之间的导线，这需要查看二层都有哪些用电设备（或二层配电箱的配置）来决定，同时还应更换主配电箱向二层供电的断路器（视原断路器大小而定）

按三相40A计算，中央空调主机专线送电，您的空调应该在20P左右，单相的电流肯定会过大。

2层配电箱若是4条主线线，或5条主线，本身用6平方线就有点紧不知道您的中央空调有多大，一般要用到10平方线，不换线。

建议直接另外拉10平方线到1楼配电箱，若2楼再有些上千瓦的用电设备，就是单相220V的电了，就应该是380V的电，若只有3条线

直接接到二层配电箱就是了。没有必要接到一层去。