已签完购房协议的并付清全款,是否有效?

这时到开发商处询问一下情况，并且签了购房合同，这样你和开发商之间才有约束力，如果已经抵押给银行了，说明房子已经封顶了吧，如果有了预售证就重新签购房（预售）合同几年前的购房协议应该不是购房合同吧。如果开发商已经将房子卖给你了，就不应该再抵押给银行，可以申请退款。反过来说，开发商应该有了预售证。
如果开发商现在还没有预售证，之前和开发商签的购房协议无效

建议你可以和开发商进行协商，不行的话可以通过法律途径进行解决