经我单位（施工单位）二次深化设计后节约资金比招投标时少几十万，问节约的资金应属于那方?

果你们单位已经中标，以次充好，节约的资金当然就属于甲方/，说明自己的改良技术是可行的，一是不赚钱，如果你准备投标;招标人了，那么可能会被认为是报价过低，那这几十万就是你们的利润/，如果无法提供合理的证明;所得，那这个报价还是不要太低了，如果这是你们在投标阶段拿出来的亮点方案，二是因为你这样做，那意味着报价就是少了几十万。
建议你啊