6层顶楼，大门朝东，一套卧室和客厅的窗户都朝西，二套的卧室和客厅窗户都朝南，这两套房子风水如何?

一套。而二套房子情况刚好相反，按照常规建筑设计，因此相对一套房子较好，百姓之家则坐北朝南；古时帝王之家坐南朝北你给的数据资料太少，目前从你提供的资料看。
从科学来说。客厅窗户朝西，尤其是主卧室，有利夫妻关系，如果主人五行缺水会较好，一套风水比二套好，如果有图最好说明。同时西边五行属金，对室内能起到一定杀菌作用，窗户朝西，卧室窗户朝西，无法正确判断，但也要注意节能保温效果，那么坐向应该是南北朝向，有利于太阳照射，仅供参考。
因你提供资料少