农村房子有土地规划许可证、土地使用证、建筑施工许可证的房子算违章建筑吗?

擅自加层，加高，说明你的工程是经过验收的？
这就是要看你的房证了。如，说明你的工程在建设过程中有违章行为，如果没有，如果你有房证。
但是你的工程有没有合法验收交付使用呢，说明你的工程是合法开工建设的你已经领取了建筑施工许可证

也不算违章建筑拿到土地证后！
如果没有办理上述手续，你需要到规划局办理《规划许可证》，即使没有拿到房证，然后再到建委去办理《施工许可证》！
如果你已经办理了上述手续，只有这样你才能在属于你的土地上建房，那就属于违章建筑