我新买的房子，碰到两个问题：第一、主房间的门正对着厕所门（相差一块砖的位置）。?

空气流通性好。这个问题你得找物管拿房间的图纸，做成墙主房间正对厕所门。
到小房间中间应该还是有道门吧，可以改动的。
入户花园能到客厅这种环境还是很好的，看景方便，很多户型会把中间做成一道推拉门，一般卫生间的墙应该不会是承重墙的，只要不是承重墙。只用另外一扇门即可。
封闭门只是我个人建议，如果一面墙上有窗还有一道门，你可以把门封闭，你可以试着把厕所门的位置挪偏一点

房间和阳台？我觉得每个空间之间都会有门或推拉门：厕所门口挂珠帘，入户花园可以这接道客厅：我不太懂！
第二第一

厕所的门做到经常关。