购买一套二手房，地下室没有在房产证上登记，如何办理过户?

原购房人手里有。要想清楚地证明地下室问题：这个地下室是原来就是和房屋走一个进出口还是独立的出入口，或是开发商是以赠送名义卖出的地下室，可能会影响未来的拆迁补偿费（会少一点），要是后者，该地下室应该有独立的产权证，开发商也应该有。
要注意的是，产权证上没有地下室的面积，就要查阅原始购房合同是怎么签的。其它不影响的，房管部门也有地下室没证有可能是挑高不够2.2米

有，地下室车库一般都没有房产证，只有购买合同。