97年农村自建的三层楼房，当时只办理了土地使用权证，如何办理房产证呢?

唯一的办法是从头办起！到城建部门办理准建证！你的土地证未必是合法手续取得的，之后就可以办理房证了！
你没有房产证是不能过户的可以肯定一点你的建楼手续根本不全面！即使你去查土地证的档案，我想收获也不大！里面的东西帮不上你的忙，然后到土地部门办理住宅用地许可证

建筑许可证。，然后就可以办理房产证了土地使用证