我先买了一套二手房，接着又买了一套新房，办新房房产证费用会比平时高吗?

从此以后要买也只能买一套了，那你买了中介的二手房后可能会导致你自己要买的一手房过不了户，有十套也好，也就是说不管你之前有没有房子，如果需要贷款，在北京现在的政策是2010年的五月一日之后，一个家庭只能再购买一套房产。
不知道你在哪个城市，那后办理贷款的那套在贷款成熟和利率上就会按照二套的政策来执行只要不是贷款就不会有太大的影响，没有也好。
如果你所在地也有这个政策

不会，税负公平！

二手房不是你的，你要注意有没有贷款。如果是一次付清，是没有问题。如果有贷款问题比较大，会影响你下次贷款，和贷款利率的问题，差别比较大。（简单讲就是贷款的话，每月差好几百块）贷款金额越大差距越大。
你新办房产证也不会多产证费用（但是契税不一样，不知道你是哪里的？）
比如上海：你买90平以下的普通住房，可以优惠契税到1％。（因为你是首套）
如果你再买90平以下的普通住房是没有优惠的1.5％。其他费用没有区别。