在楼顶打一个洞做楼梯，会影响到楼上的防水层结构吗?

做好了就不存在影响，因你已经把你自己做的地方处理了。

打掉部分能做好防水层，其他地方的防水基本上不会受到影响（如果房子最初的屋面防水不存在空鼓现象），要看具体房子构造；还有一点你屋顶是不是斜坡，处于排水面，遇到台风暴雨，直接流进你家。  从你的问题来回答是不会造成什么影响的。

多多少少会影响的，你想想本来做好的防水结构，突然被你从中间打一个洞，你说防水会不会受影响呢？
如果要打的话，在打的部分一定要将防水在做一遍。