手动研磨咖啡机和自动的哪种比较好?

自动好。
每一种咖啡冲泡器具在设计上，对研磨度都有一定的要求。符合该要求，才能调制出一杯上好的咖啡。一般而言，冲泡时间愈短，需要的咖啡颗粒就愈细（例如浓缩咖啡所需要的颗粒就极细），冲泡的时间愈久，颗粒就愈粗（例如滤压壶需要的颗粒就较粗）。
特浓咖啡机  –  幼研磨度
滴滤咖啡机  –  中研磨度
法式压滤壶  –  粗研磨度

体型上，手磨一般是比较小，但也有大型手磨甚至比电磨更大更重。所以出门携带手磨方便。
使用上，手磨费力，慢。偏偏也有人觉得这是情怀。
技术上，手磨因转速慢，磨豆过程几乎不发热，一般电磨或多或少都有发热问题（简单说磨豆时发热会损失咖啡风味）。
价格上，同等出品能力，手磨便宜些。但这是在一般范围内。高端磨或古董磨是完全说不清的。

个人意见是自动好，比较方便，手磨的话，要买咖啡豆和研磨器，很麻烦啊，并且研磨的未必细腻，影响咖啡口感。不过个别咖啡需要手动来研磨，手摇是做美式的  。如果要选择价格便宜的，建议选择手动的，可以调节细度，便宜的电动磨豆机大多数都不带调节细度的功能。
希望对你有所帮助